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Die Exzellenzcluster wie auch die Graduiertenschulen sind in besonders leistungsstarken Forschungsschwerpunkten der Universität angesiedelt, deren Profil im Rahmen der Struktur- und Entwicklungsplanung (STEP) seit 2009 gezielt gestärkt wurde. In den Clustern geht es um Fragen der Neurowissenschaften, der Mehrsprachigkeitsforschung und verschiedener Teilgebiete der Physik (Photonenforschung, Nanowissenschaften, Astro- und Teilchenphysik). Die Graduiertenschulen bieten eine strukturierte Doktoranden- und Doktorandinnenförderung in den Bereichen Infektions- und Energieforschung, Medien und Kommunikation, Umwelt- und Globalisierungsforschung.

Durch die Bewilligung der Forschungs- und Wissenschaftsstiftung können ca. 150 Nachwuchswissenschaftlerinnen und Nachwuchswissenschaftler ihre Forschungen fortsetzen (z. B. als Nachwuchsgruppenleiter/in oder Juniorprofessor/in) oder als Doktorandinnen und Doktoranden ein hochwertiges Qualifizierungsprogramm in einer Graduiertenschule nutzen.

Mit der 2009 von der Freien und Hansestadt Hamburg eingerichteten Landesexzellenzinitiative wird das Ziel verfolgt, besonders aussichtsreiche Forschungsinitiativen im nationalen und internationalen Wettbewerb der Forschungsförderung besser zu positionieren. Dies gilt insbesondere für die aktuelle Runde der Exzellenzinitiative des Bundes und der Länder. Vor diesem Hintergrund hat eine Reihe der jetzt weitergeförderten Cluster und Graduiertenschulen ebenfalls eine Antragsskizze in der Bundesexzellenzinitiative eingereicht, um im nächsten Frühjahr von der Deutschen Forschungsgemeinschaft eine Aufforderung zu erhalten, für ihr Projekt einen Vollantrag einzureichen mit der Aussicht auf eine umfangreiche mehrjährige Förderung ab 2012.